中国植物学家胡先骕先生于1963年命名发表，但是五十年来琴叶风吹楠的分类学位置一直有争议。胡先骕同时发表提琴叶贺得木（Horsfieldia pandurifolia）和长序梗贺得木（Horsfieldia longipedunculata），1977年出版的《云南植物志》将两种合并，名之琴叶风吹楠（Horsfieldia pandurifolia Hu）。 

据1979年出版的《中国植物志》记录，琴叶风吹楠（Horsfieldia pandurifolia）于1975年被归并入内毛楠（Horsfieldia macrocoma），但是因为两种的花序、果实及种子特征明显不同而分开处理，后来中国国内的诸多著作都沿用琴叶风吹楠（Horsfieldia pandurifolia）这个学名，并记为云南特有种。

1984年，德怀尔德（de Wilde）在审校风吹楠属（Horsfieldia）植物时，将琴叶风吹楠（Horsfieldia pandurifolia）归并入云南风吹楠（Horsfieldia prainii），再将云南风吹楠（Horsfieldiaprainii）作为亚种组合入内毛楠（Horsfieldia macrocoma），然后将内毛楠（Horsfieldia macrocoma）作为模式种建立一个新属内毛楠属（Endocomia de Wilde），将琴叶风吹楠的学名变更为Endocomia macrocoma ssp. prainii。内毛楠属（Endocomia）得到国外学者的承认，而且他们从形态学和分子生物学方面进一步获得了证据，证明内毛楠属（Endocomia）与风吹楠属（Horsfieldia）的亲缘关系较远。

2003年，在《中国被子植物科属综论》一书中承认了Endocomia，译为内毛楠属，对琴叶风吹楠（Horsfieldia pandurifolia）并入云南风吹楠（Endocomia macrocoma ssp. prainii）的处理未提出异议。2004年，叶脉认为内毛楠属（Endocomia）与风吹楠属（Horsfieldia）两属的分类界限不明，取消了内毛楠属（Endocomia），恢复内毛楠（Horsfieldia macrocoma）。 

在2008年出版的《Flora of China》中，取消了内毛楠属（Endocomia），将琴叶风吹楠的学名改为Horsfieldia prainii，名之“云南风吹楠”。

2012年并入内毛楠（Endocomia macrocoma）作为在中国亚种分布，命名为云南内毛楠（Endocomia macrocoma subsp. prainii (King) W.J.de Wilde）。